为防止洪水倒灌地铁车站，地铁集团在全线所有车站设置了3道防水门。在车站出入口设置45厘米的三步台阶，用沙袋和挡水板筑起一米高的第一道防水门；突发情况下准备关闭在出入口与站台通道处设置的人防门，作为第二道防水门；在站台区间端口处设置第三道防水门。在全线各车站配置171个挡水板、274套水泵、1万余个沙袋，常规车站每站配备不少于20人的应急抢险队，地势低洼车站配置不少于35人的抢险队，确保突发事件快速处置。
地铁集团重新修订了既有线路突发暴雨、洪水倒灌专项应急预案。遇极端暴雨天气等超常规情况，在车站洪水倒灌等紧急状态时，区域站长有权立即组织关闭车站出入口，禁止乘客进入；电客车司机在行车过程中，如遇到线路积水过路轨面时，有权采取就近进站扣停处置；地铁调度指挥中心有权采取部分或全线停运处置，执行“边处置、边上报”的工作原则，第一时间保证广大市民乘客的人身安全。地铁集团建立突发洪水应急处置预案，并与市应急管理局、市交通局，市公安局、120急救中心等部门举行多次防汛应急演练，明确燃气、供水、排水、交警、消防救援、120急救等市级联动单位的片区联动接警方式，建立了属地化应急联动机制，加强了现场监测和巡查，并与周边居民社区和相关单位建立联系，随时通报险情信息。
